세금계산서, 합병법인이 대신 발급할 수 있을까?

1. 사실관계

국내 A기관은 공급처 b사와 물품 구매 계약을 체결하였고, 공급처 b사는 재화를 공급한 후 다른 회사 B에 합병되어 소멸하였습니다. 현재 세금계산서를 합병법인인 B사의 명의로 발급받을 수 있는지를 검토하고자 합니다.

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2. 질의사항

공급자가 합병되어 소멸한 경우, 합병법인이 세금계산서를 발급할 수 있는지 여부입니다.

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3. 검토의견

부가가치세법 제32조는 재화 또는 용역의 공급 시 공급자가 세금계산서를 발급하도록 규정합니다. 한편 상법 제235조는 합병으로 소멸한 회사의 권리·의무를 합병법인이 승계한다고 규정합니다. 이 두 규정을 종합하면, 세법상 세금계산서 발급 의무 역시 합병법인에 승계됩니다.

 

또한 과세당국은 합병 전 발급된 세금계산서를 합병 후 사유로 수정해야 하는 경우, 공급자를 ‘합병법인’으로 기재하도록 해석한 바 있습니다(부가가치세과-1552, 2010.11.26.). 이는 세금계산서 관련 권리·의무의 승계 원칙을 명확히 보여줍니다.

 

따라서 본 건과 같이 공급이 이루어진 후 공급자가 합병으로 소멸한 경우에도, 합병법인 명의의 세금계산서를 발급·수취하는 것이 가능하며, 통상적인 요건을 충족하면 매입세액 공제도 가능합니다.

 

다만, 거래 사실관계(계약, 납품·검수, 대금정산 내역)와 합병등기일 등 승계 관련 증빙을 함께 보관하여 실질 승계 및 거래 연속성을 명확히 해두는 것이 바람직합니다.

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4. 관련 규정 및 해석 사례

• 부가가치세법 제32조: 재화·용역 공급 시 세금계산서 발급 의무
• 상법 제235조: 합병법인의 권리·의무 승계
• 부가가치세과-1552(2010.11.26.): 합병 후 수정세금계산서의 공급자=합병법인, 작성일 관련 기준 제시

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5. 마무리 정리

공급자가 합병으로 소멸한 경우에도 합병법인이 세금계산서를 대신 발급할 수 있습니다. 이때 합병 승계 증빙을 갖추고, 거래 사실을 소명할 수 있도록 서류를 정비하면 매입세액 공제 또한 가능합니다.