특허 관납료, ‘납부확인증’만으로 적격증빙이 될까요?

 

1. 사실관계

국내 A기업은 특허 출원·심사·등록 과정에서 관납료를 납부하고, 납부확인증을 보관하고 있습니다. 이 납부확인증이 법인세법상 적격 증빙으로 인정되는지가 쟁점입니다.

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2. 질의사항

• 관납료 납부 시 납부확인증만으로 법적 증빙이 되는지.
• 적격증빙 수취의무 면제 범위와 가산세 위험은 무엇인지.

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3. 검토의견

• 국가·지자체에 대한 지급은 적격증빙 수취의무 면제
  법인세법 제116조는 지출에 대한 법정 증빙으로서 원칙적으로 신용카드매출전표·현금영수증·세금계산서·계산서 중 하나를 수취·보관하도록 규정합니다. 다만 같은 법 시행령 제158조에서는 “적격증빙 수취의무가 적용되는 사업자” 범위에서 국가 및 지방자치단체를 제외합니다. 특허청은 중앙행정기관이므로, 특허청에 직접 납부한 관납료의 경우 적격증빙 수취의무가 면제됩니다. 이때 납부확인증(영수필 확인서 등), 납부서, 이체내역 등으로 거래 사실을 입증하면 충분합니다
• 정부 산하 비영리법인·유관기관 등은 예외 가능
  법인세법 시행령 제158조의 “국가·지자체 제외”는 정부 자체를 의미합니다. 과세당국은 “정부부처 산하 비영리법인 등은 국가·지자체에 해당하지 않는다”고 해석한 바 있습니다(서삼46015-11934, 2003.12.11.). 즉 특허청에 직접 지급하는 것이 아닌 산하기관·출연(연)·민간위탁기관 등에 수수료를 지급했다면 적격증빙 수취의무가 있는 것이며, 이 경우에는 세금계산서·현금영수증·신용카드전표 등 적격증빙을 받아야 합니다.
• 적격증빙 미수취 시 가산세
  적격증빙 대상임에도 미수취하면 법인세법 제76조 제5항에 따라 미수취 금액의 2%를 가산세로 납부해야 합니다. 적격증빙 구비 면제 대상(국가·지자체)에 해당하더라도, 지출 사실을 객관적으로 확인 가능한 서류(납부확인증, 고지서, 전자납부내역, 결의서 등)는 반드시 보관해야합니다(서면-2015-법인-1406).
• 전자보관 가능
  국세기본법 제85의3 및 고시에 따른 방식으로 전자기록을 보관하면 실물 보관 생략이 가능합니다. 관납 전자납부서·전자영수증은 원본성·변조방지 요건을 충족하도록 시스템에 보관하시는 것이 좋습니다.

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4. 관련 규정 및 해석 사례

• 법인세법 §116: 지출증빙 수취·보관 의무(적격증빙 4종 규정).
• 법인세법 시행령 §158: 적격증빙 대상 “사업자” 범위에서 국가·지자체 제외.
• 법인세법 §76⑤: 적격증빙 미수취 2% 가산세.
• 서삼46015-11934 (2003.12.11.): 정부 산하 비영리법인 등은 국가·지자체 아님 → 적격증빙 필요.
• 서면-2015-법인-1406 (2015.09.17.): 면제 대상인 경우에도 객관적 입증서류 보관 필요.
• 국세기본법 §85의3, 85의3-0…1: 전자기록 보관 시 실물 보관 생략 가능.

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5. 마무리 정리

• 특허청에 직접 납부한 관납료: 적격증빙 수취의무 면제. 납부확인증 + 납부내역으로 입증 관리.
• 산하기관·유관기관에 납부: 면제 아님 → 세금계산서·현금영수증·신용카드전표 등 적격증빙 수취 필요(미수취 2% 가산세).
• 전자보관 허용되므로, 전자납부증·이체증 등은 요건에 맞게 전자문서로 장기보관하시는 것이 좋습니다.

  
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