의료재단이 제공하는 연구용역, 세금계산서 발급 가능할까?

 

1. 사실관계

국내 A기업은 비영리 연구 재단과 연구용역 계약을 체결하였습니다. 외주 연구비용에 대해 세금계산서를 발급 받아 매입세액공제 받고자 하였으나, 연구 재단은 기성 청구 시 세금계산서 발급은 불가하며 계산서를 발급해야 한다고 합니다.

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2. 질의사항

비영리재단법인이 수행하는 연구용역에 대한 부가가치세 과세·면세 여부입니다.

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3. 검토의견

핵심 판단 포인트는 두 가지입니다.

 

1. ‘새로운 학술·기술 개발을 위한 연구용역’  해당 여부

• 「부가가치세법」 제26조, 같은 법 시행령 제42조, 시행규칙 제32조에 따르면 연구용역이 새로운 이론·방법·공법·공식 등에 관한 것인 경우, 부가가치세가 면세되는 용역입니다.
• 부가가치세가 면세인 경우, 당연히 세금계산서 발급은 불가하며 계산서를 발급하는 것이 적정합니다.

2. 학술 등 연구단체의 ‘실비 또는 무상’ 공급 여부

• 「부가가치세법 시행령」 제45조에 따라 학술 및 기술의 연구·발표를 주된 목적으로 하는 단체가 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면세됩니다.
• 이러한 경우 역시 계산서 발급이 적정합니다.

만일 위 두 요건 어느 것도 충족하지 않으면 부가가치세가 과세되는 것며, 이러한 경우 세금계산서를 발급·수취해야 합니다.

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4. 관련 규정 및 유권해석

• 부가가치세법 제26조(면세)
• 부가가치세법 시행령 제42조(인적용역 면세 범위)
• 부가가치세법 시행규칙 제32조(학술·기술 연구용역의 범위)
• 부가가치세법 시행령 제45조(공익목적 단체의 실비·무상 공급 면세)
• 서면-2016-부가-3297(2016.04.17): 면세되는 학술·기술 연구용역의 범위 확인

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5. 마무리 정리

• 새로운 학술·기술 개발 목적의 연구용역이거나, 학술등 연구단체의 실비 또는 무상 공급이면 면세이므로 계산서 발급.
• 그 외 일반 연구용역이면 과세이므로 세금계산서 발급.
• 실무 상 계약서에 용역 범위와 대가 산정(실비 여부)가 명확히 표현되어야 안전합니다.